O primeiro passo para a instituição de um sindicato foi dado no dia 5 de maio de 1984, com a criação da Federação dos Servidores Públicos Federais de Santa Catarina. Em pleno regime militar, a persistência e a ousadia de vários servidores fez surgir o primeiro instrumento para a unificação da luta sindical. A Federação aglutinava associações de servidores de diversos órgãos, que passaram a atuar com caráter sindical.A Constituição de 1988 garantiu o direito à livre associação, resultado de muitas lutas do movimento sindical. Os servidores federais de Santa Catarina não perderam tempo e, em assembleia realizada no dia 5 de novembro de 1988, decidiram criar o Sindicato dos Trabalhadores no Serviço Público Federal no Estado de Santa Catarina. Um sindicato de luta, que já liderava uma greve 15 dias após a sua fundação (a greve durou 50 dias).
Participaram da fundação 46 servidores de sete órgãos federais, que aprovaram o Estatuto e elegeram a diretoria e o conselho fiscal provisórios, que atuou por nove meses e preparou a primeira eleição, realizada em setembro de 1989.A primeira sede do Sintrafesc (1988/89) funcionou anexo ao Sindprevs, em dois endereços: rua Sete de Setembro e rua Ângelo Laporta. Depois, foi alugada uma sala na rua Tenente Silveira, e em 1993, foi comprada a sede atual, na rua Nereu Ramos 19, sala 609, no Centro de Florianópolis.O primeiro presidente provisório, Odilon Silva, afirma que o período de 1988 até 1994 se caracterizou pela busca da unidade e por várias conquistas, não apenas salariais, como por exemplo, a obtenção do Regime Jurídico Único.O primeiro servidor filiado foi Romão Ribeiro da Rocha, da Delegacia Federal da Receita Federal, que assinou a ficha em 11 de novembro de 1988. A primeira funcionária, Cláudia Soares, foi contratada em dezembro de 1990.No dia 6 de fevereiro de 1990 foram eleitos, oficialmente, os três primeiros delegados sindicais: Vilmar Barbosa Dutra, Rogério dos Santos Silva e Cláudio Rodrigues da Silva. Em 28 de novembro, nascia o primeiro boletim informativo – uma modesta folha de papel ofício, datilografado e xerocado.Em 18 de dezembro de 1993 foi criada a Delegacia Regional do Oeste, atual Núcleo Regional de Base do Oeste, em Chapecó, com o objetivo de aproximar ainda mais o Sintrafesc da sua base. E em 19 de outubro de 2005 foi criada a Delegacia Regional do Planalto, hoje Núcleo Regional de Base do Planalto, em Lages.
A história do Sintrafesc reflete a organização, a mobilização e a conscientização dos servidores públicos federais no Estado de Santa Catarina.